Το CPI της μικροπρογραμματιζόμενης μονάδας ελέγχου είναι μεγαλύτερο από αυτό της καλωδιωμένης. Αυτό συμβαίνει επειδή ο έλεγχος για διακοπές απαιτεί ξεκινώντας έναν κύκλο ρολογιού. Οι εντολές φόρτωσης και οι εντολές αποθήκευσης είναι πιο αργές. Επίσης, οι εντολές διακλάδωσης απαιτούν σύγκριση με το 0 είναι πιο αργές στην περίπτωση που είναι εντολές διακλάδωσης που δεν ακολουθούνται (untaken).